Federacja utworzyła odrębną prowincję kościelną, niezależną od kościoła w Prusach Wschodnich, a także od wpływów władz Litwy i okręgu. W 1926 r. odbyły się pierwsze wybory do Synodu Regionalnego, uczestnicy wybrali Franza Gregora na pierwszego superintendenta generalnego. Powołano też członków konsystorza, który rozpoczął działalność rok później. Franz Gregor przeszedł na emeryturę w 1933 r., na stanowisku superintendenta zastąpił go Otto Obereigner.
Język niemiecki i litewski miały takie same prawa w kościele, były w równym stopniu używane w jego działalności, a każdy duchowny miał obowiązek znać oba. Do 1 stycznia 1932 r. do pracy w kościele przyjmowano również zagranicznych księży. Jednak w 1923 r. językiem ojczystym 37 spośród 40 duchownych z okręgu był niemiecki, a tylko trzech z nich – litewski. W 1936 r. liczba litewskich księży skurczyła się do dwóch, a niemieccy duchowni władali językiem litewskim w stopniu umożliwiającym jedynie bierne rozumienie i czytanie litewskich pism.
W dwudziestoleciu międzywojennym Kościół Ewangelicko-Luterański zrzeszał 80 zborów na terenie Litwy, służyło w nim 72 duchownych oraz posiadał około 25 000 członków. Natomiast w Okręgu Kłajpedy w 1930 r.