W 1725 r. w Królewcu opublikowane zostało pierwsze tłumaczenie Biblii na język litewski.
Po I wojnie światowej jedynie dziewięć parafii prowadziło nabożeństwa w języku litewskim na terenach pozostających częścią Republiki Weimarskiej jako Prusy Wschodnie. Były to zbory położone w południowej i centralnej Małej Litwie. Działalność litewskojęzycznych zborów została w większości zakazana po przejęciu władzy przez nazistów w 1933 r.
30 lipca 1919 r. większość delegatów na Synod z Okręgu Kłajpedy zdecydowała o pozostaniu wiernych z tego regionu w strukturach Kościelnej Prowincji Prus Wschodnich. Wierni litewskojęzyczni, zachęcani przez rząd Republiki Litewskiej, postanowili o organizacji nieoficjalnego Ewangelickiego Synodu Krajowego Kłajpedy i domagali się utworzenia nowego, niezależnego związku wyznaniowego.
W 1925 r. władze w Kłajpedzie wysłały delegację, która miała negocjować z Ewangelickim Kościołem Unii Staropruskiej w Berlinie. 23 lipca podpisano Umowę dotyczącą kościoła ewangelickiego na Terytorium Kłajpedy. Obie strony postanowiły, że zbory luterańskie na terenie okręgu wraz z jedynym położonym tam zborem reformowanym utworzyły Regionalną Federację Synodalną Terytorium Kłajpedy z własnym konsystorzem, który wybierał głównego superintendenta.