Po nastaniu rządów radzieckich, około 80 tys. członków kościoła udało się na emigrację. Na wyjazd zdecydował się również arcybiskup oraz siedemnastu innych duchownych. W Szwecji powołano Estoński Kościół Ewangelicko-Luterański na Wygnaniu. W późniejszym okresie powołano również zbory w innych krajach.
Ordynacja kobiet na duchownych została wprowadzona w 1967 r.
Do wzrostu odsetka osób aktywnych religijnie przyczyniła się dopiero emigracja rosyjska na tereny Estońskiej SRR w latach 70. XX wieku. Uczęszczanie do kościoła było formą manifestacji swojej przynależności narodowościowej w obliczu masowego napływu Rosjan i obawy przed zagrożeniem estońskiej kultury. Często po skończeniu nabożeństw wierni organizowali ceremonię złożenia kwiatów na grobach walczących z Rosjanami lub pełniących ważne stanowiska w okresie międzywojennej niepodległości. Śpiewano wtedy pieśni kościelne i patriotyczne. Wpływ Kościoła luterańskiego widoczny był nawet podczas corocznych narodowych festiwali, jak konkursów piosenki, które rozpoczynały się modlitwą i czytaniem z Biblii.
Kolejne ożywienie praktyk religijnych nastąpiło po 1988 r. Na przełomie lat 1988–1989 liczba chrztów wzrosła z 4535 do 12 962, a konfirmacji z 2711 do 8837.