W 1934 r. kościół ewangelicki liczył około 874 tys. wiernych. Ze względu na znaczną liczbę członków, posiadał w latach 1934–1940 razem z Kościołem prawosławnym szczególny status prawny, przez co był błędnie postrzegany jako kościół państwowy. Kościół posiadał szerokie poparcie społeczne, jego duchowni byli wybierani do lokalnych rad administracyjnych, w szczególności na terenach wiejskich. W miastach kościół nie posiadał takiego wpływu na administrację, zajmował się przede wszystkim remontami zabytkowych świątyń oraz wznoszeniem nowych.
Od czasu zajęcia kraju przez Związek Socjalistycznych Republik Radzieckich w 1940 r. i utworzeniu Estońskiej Socjalistycznej Republiki Radzieckiej, Kościół ewangelicki stał się obiektem ataków ze strony władz. KGB zajmowało się kontrolą nad kościołami, duchowni zostali deportowani lub zamordowani. Budynki kościelne nie były poddawane remontom, a urzędnicy namawiali Estończyków do zaprzestania uczęszczania na nabożeństwa. W szkołach promowano ateizm państwowy. W rezultacie tych działań, odsetek osób uczęszczających na nabożeństwa spadł do 5–10% w latach 60. XX wieku. Były to przeważnie starsze kobiety.