9 grudnia 1941 Kongregacja ds. Obrzędów zarządziła dodatkowe czynności sprawdzające, po tym jak wniesione zostały przeciwko Frassatiemu zarzuty natury obyczajowej. W 1942 odbyły się w tej sprawie dwa przesłuchania w Turynie i w Rzymie, po czym papież Pius XII odroczył proces beatyfikacyjny. Imię Frassatiego nosiło wówczas we Włoszech 771 oddziałów Akcji Katolickiej, 21 stowarzyszeń akademickich, 60 grup uczniów szkół średnich i 29 konferencji Stowarzyszenia Św. Wincentego a Paulo. W 1945 Pius XII zdecydował o wstrzymaniu procesu.
Po II wojnie światowej o przywrócenie aury świętości Frassatiemu zabiegała jego siostra, Luciana Frassati-Gawrońska, która w 1954 rozpoczęła wydawanie cyklu poświęconych mu książek i zaproponowała dla niego miano św. Franciszka z Turynu (przez analogię do Sonnenscheina, zwanego św. Franciszkiem z Berlina), a także jej córka, Wanda Gawrońska. W 1958 powstała ze środków Alfreda Frassatiego szkoła podstawowa imienia jego syna w Borrianie koło Bielli, a w 1961 dokonany został przez niego zapis testamentowy w wysokości 700 milionów lirów na upamiętniającą syna działalność charytatywną w Turynie i Pollone.