Argumentował, iż:
Obrona obrządku bizantyjsko-ruskiego przed elementami o proweniencji łacińskiej miała być zatem działaniem na rzecz ożywienia świadomości narodowej Rusinów galicyjskich. Duchowny protestował, jakoby miał dokonywać utajonej propagandy prawosławnej i twierdził, że można być doskonałym katolikiem, zachowując obrządek bizantyjski w jego czystej formie. Odnosząc się do zarzutu sympatii prororosyjskich, oznajmił, iż sympatyzuje z Rosjanami jako Rusin, jednak jako obywatel austriacki nie może być sympatykiem Rosji, ponadto jako duchowny negatywnie odnosi się do panujących w Rosji relacji między władzą świecką a duchowną.
Wyjaśnienia duchownego nie przekonały władz kościelnych w Austrii. Nuncjusz papieski w Wiedniu polecił łacińskiemu arcybiskupowi lwowskiemu Franciszkowi Ksaweremu Wierzchleyskiemu organizację śledztwa w sprawie aktywności ks. Naumowycza. Hierarcha z kolei powierzył jego przeprowadzenie dziekanowi przemyskiemu ks. Kochańskiemu. Jednym z efektów sprawy było powołanie przy papieskiej Kongregacji Rozkrzewiania Wiary oddziału ds. obrządków wschodnich. Greckokatolicki metropolita lwowski Hryhorij Jachymowycz nakazał w liście pasterskim do duchowieństwa zaprzestania samodzielnych działań na rzecz puryfikacji obrządku. W rozmowie z ks.