W maju 2000 roku Habasz ze względów zdrowotnych, ustąpił ze stanowiska sekretarza generalnego LFWP. Jego następcą został Abu Ali Mustafa (właściwie Mustafa Ali Kasam Zabri), który zginął, gdy 22 sierpnia 2001 roku izraelski helikopter odpalił trzy rakiety w jego biuro w Ramallah. Na cześć zabitego polityka zbrojne skrzydło Ludowego Frontu przemianowane zostało na Brygady im. Abu Alego Mustafy. Kolejnym sekretarzem generalnym partii został Ahmad Sa’adat.
Po wybuchu intifady Al-Aksa jego członkowie weszli do koalicji Palestyńskie Siły Narodowe i Islamskie, która koordynowała działalność ruchu oporu. W trakcie powstania prowadził wzmożoną działalność terrorystyczną, obejmująca między innymi zamachy samobójcze. W efekcie, w październiku 2001 roku władze Autonomii Palestyńskiej zdelegalizowały Brygady im. Abu Alego Mustafy.