W sumie rozegrał w sezonie 19 meczów i zdobył 8 goli (w tym 3 ligowe), a z drużyną wywalczył mistrzostwo Włoch.
W czerwcu wziął udział w Euro 1988, na którym reprezentacja Holandii zdobyła tytuł mistrza Starego Kontynentu. Van Basten był jej najskuteczniejszym napastnikiem: strzelił trzy gole w meczu z Anglią, jednego w 88. minucie półfinału z RFN oraz efektowną bramkę decydującą o zwycięstwie w finale ze Związkiem Radzieckim.
Po powrocie do Milanu, którego prezes Silvio Berlusconi zatrudnił kolejnego reprezentanta Holandii, Franka Rijkaarda, van Basten rozegrał swój najlepszy sezon, w czasie którego drużyna prowadzona przez Arriga Sacchiego triumfowała w Pucharze Mistrzów. Rok później Milan obronił trofeum, a van Basten został „capocannoniere” (królem strzelców) Serie A.
W 1992 roku, dwa lata po nieudanym dla Holandii Mundialu, reprezentacja dowodzona znów przez Rinusa Michelsa doszła do półfinału Euro 1992, w którym przegrała w rzutach karnych z późniejszymi triumfatorami Duńczykami. Strzał van Bastena w serii jedenastek obronił wówczas Peter Schmeichel.