Sukces jednego z wygranych klubów, francuskiego Girondins Bordeaux, który po zwycięstwie w Intertoto dotarł aż do finału Pucharu UEFA, skłonił federację do powiększenia liczby równoległych finałów Pucharu Intertoto aż do trzech, dając wszystkim ich zwycięzcom możliwość udziału w Pucharze UEFA.
Nowy format Począwszy od sezonu 2006/2007, zmieniła się formuła rozgrywania Pucharu. Zamiast, jak wcześniej, pięciu rund, były jedynie trzy. Wszyscy ich zwycięzcy – łącznie jedenaście drużyn – przechodzili do drugiej rundy kwalifikacyjnej Pucharu UEFA (wcześniej trzy zwycięskie zespoły Intertoto awansowały do pierwszej rundy samego Pucharu).
Każde państwo mogło wystawić tylko jeden klub. Jedynie w wypadku, gdy któryś z krajów zdecydował się nie brać udziału w ogóle, możliwe było przejęcie jego miejsca przez inny kraj, który w ten sposób mógł wystawić dwa zespoły.
Stosunek do Pucharu Intertoto Niektóre kluby bojkotowały ten turniej, uznając, że udział w nim przeszkadza w przygotowaniach do nowego sezonu ligowego. Na przykład w 1995, pierwszym Pucharze po zmianie formuły, Anglia miała możliwość wystawienia trzech zespołów, jednak wszystkie kluby Premier League odmówiły udziału.