Lata 60. Pierwsza edycja turnieju miała miejsce w roku 1961, pod nazwą Międzynarodowy Puchar Piłkarski (International Football Cup – IFC); od nazwiska twórcy rozgrywki nazywano go również Pucharem Karla Rappana. Przez sześć lat turniej miał następujący format: najpierw rozgrywki grupowe, po nich ćwierćfinały, półfinały i finał. W pierwszej edycji większość zespołów pochodziła z Holandii, RFN i Szwajcarii. Z czasem prestiż Pucharu rósł, zachęcając do udziału coraz więcej państw. Z drugiej strony, organizowanie meczów zaczęło nastręczać coraz większych trudności i po roku 1967 zdecydowano się zlikwidować fazę pucharową, pozostawiając jedynie rozgrywki na poziomie grupowym. W ten sposób Intertoto stało się turniejem bez zwycięzcy.
Lata 90. Taki stan rzeczy trwał aż do roku 1994, gdy UEFA przejęła oficjalnie kontrolę nad turniejem i postanowiła zmienić jego format. W kolejnym sezonie (1995/1996), powrócono do rozgrywania fazy pucharowej, kończącej się dwoma równoważnymi finałami. Ich zwycięzcy mieli zostać premiowani awansem do Pucharu UEFA.