Berthoud miał czterech braci: Abrahama (1708-?); Jeana-Henry’ego (1710-1790) – sędziego ziemskiego Val-de-Travers, sekretarza sądowego w Verrières, adwokata w Cressier oraz rzeczoznawcy w dziedzinie zegarmistrzostwa; kreślarza Jeana-Jacques’a (1711-1784); oraz rolnika i konstruktora zegarów mechanicznych, radcy w Couvet, Pierre’a (1717-?). Ten ostatni poślubił w 1741 r. Marguerite Borel-Jaquet, z którą miał dwóch synów: Pierre’a Louisa (1754-Paryż, 1813) oraz Henriego (? -Paryż, 1783), którego kariera zawodowa była ściśle powiązana z karierą jego wuja Ferdinanda.
Berthoud miał również dwie siostry: Jeanne-Marie (1711-1804) i Suzanne-Marie (1729- ?).
W roku 1741, w wieku lat czternastu, Ferdinand Berthoud rozpoczyna naukę zegarmistrzowską w Couvet, u swojego brata, Jeana-Henry’ego, pobierając jednocześnie solidne wykształcenie w dziedzinie nauk ścisłych. 13 kwietnia 1745 roku kończy szkolenie i otrzymuje świadectwo ukończenia praktyki zegarmistrzowskiej.