W 1765 z inicjatywy Fryderyka II Wielkiego powstała w mieście komora celna, której zadaniem było bezprawne naliczanie cła na towary polskie, które spławiano Wisłą do Gdańska. Od 1772 siedziba departamentu, od 1818 rejencji w prowincji Prusy Zachodnie. W 1773 rozpoczęła działalność drukarnia Kanterów, w której drukowano również w języku polskim (działała do 1926). Od końca XVIII wieku postępowały działania germanizacyjne, które doprowadziły do zamknięcia w 1836 polskiej szkoły. W 1828 wybudowano utwardzoną szosę z Kwidzyna do przeprawy na Wiśle i portu rzecznego w Korzeniewie, w 1860 uruchomiono wodociągi i rozpoczęto budowę kanalizacji. Dzieje Kwidzyna zostały opisane w 1873 przez historyka Prus Maxa Toeppena w monografii Stadt Marienwerderpor. strona Wirtualnego Muzeum Kwidzyna (dostęp 19.01.2011).. W 1883 uruchomiono połączenie kolejowe z Malborkiem i Grudziądzem.
XX wiek thumb|left|Budynek dawnego Konsulatu Rzeczypospolitej Polskiej, obecnie Przedszkole Miejskie nr 1 W 1900 uruchomiono gazownię miejską, natomiast w 1909 roku oddano do użytku połączenie kolejowe z Prabutami. Od 1907 działało założone z inicjatywy Związku Polaków prywatne gimnazjum polskie.