Prezbiterium Prezbiterium należące do najstarszych części kościoła posiada wystrój późnobarokowy z lat 1727–1729. Z tego samego okresu pochodzi ołtarz główny autorstwa, pracującego we Wrocławiu, jezuity Christophera Tauscha, który w pomysłowy sposób wkomponował go w gotyckie prezbiterium. W ołtarzu pod baldachimem stoi bogato zdobiona symbolami ewangelistów i rzeźbami aniołów gotycka, rzeźbiona w drewnie cedrowym figura „Kłodzkiej Madonny” z połowy XV wieku. Nad baldachimem jest attyka z wolimi oczami i Panem Bogiem w szczycie. Po obu stronach ołtarza usytuowane są rzeźby: św. Jana Chrzciciela (z lewej) i św. Piotra (z prawej). Cały wystrój rzeźbiarski wyszedł spod ręki J. A. Siegwitza, zaś kamienne balaski wykonano w 1696 roku.
Ołtarze boczne Przy filarach naw bocznych znajduje się 5 ołtarzy bocznych: Ołtarz św. Barbary Ołtarz Nawiedzenia Ołtarz św. Anny Samotrzeciej Ołtarz św. Alojzego Gonzagi Ołtarz Wniebowzięcia NMP