Okna naw bocznych i bocznych są bogato profilowane w ościeżach. Pierwsze z nich posiadają maswerki typowe dla gotyku. Okna nawy głównej zostały skrócone poprzez nadbudowane empory. Wystrój wnętrza utrzymany jest głównie w stylu barokowym.
Nawa główna Sklepienie nawy głównej jest siatkowe. W prezbiterium dawne sklepienie siatkowe zastąpiono kolebkowym przechodzącym w półkopułę. Zdobienia autorstwa Geronima Fatchone i Andrei Carove nie zniekształciły jego gotyckich cech, ale nawet je uwypukliły. Wypełniły one pola sklepienia symetrycznymi motywami ornamentalnymi z lat 1660–1670. Wystrój i wyposażenie wnętrza jest gotycko-barokowe. Najwyższą kondygnację nawy głównej zdobią barokowe gzymsy i pilastry. Między otworami empor znajdują się popiersia 14 patronów Kłodzka autorstwa F. K. Veita, a nad nimi malowidła wykonane przez Karola Dankwarta, tworzącego w Nysie, ilustrujące hymn Salve Regina (1693). Na filarach w bogatych owalnych ramach widnieją obrazy pierwszych świętych zakonu jezuitów, w tym między innymi Polaków: Stanisława Kostki i Melchiora Grodzieckiego, które zostały umieszczone w nawie głównej ok. 1694 roku. Między przęsłami stoją stiukowe figury 12 apostołów (1680).