W wyniku rozbiorów Polski Babimost po 1793 roku znalazł się w zaborze pruskim w granicach Królestwa Prus. Rząd pruski skonfiskował starostwo babimojskie i darował dobra starościńskie generałowi Köekritz, który je później sprzedał Unruhom. W 1807 w wyniku zwycięskiego powstania wielkopolskiego z roku 1806 miasto do 1815 znajdowało się w granicach Księstwa WarszawskiegoKrajniak, Jan, Pojezierze lubuskie Międzyrzecz, Świebodzin, Sulęcin, Słubice – Przewodnik, s. 32.. W 1832 miasto po raz kolejny dotknął wielki pożar. W 1905 roku w Babimoście mieszkało 1985 osób, w tym 84,9% Niemców, 13% Polaków i 2% Żydów. 55,2% ludności było katolikami, zaś 42,7% – ewangelikamiNa podstawie danych ze spisu powszechnego z 1905 roku, według deklarowanego języka ojczystego i religii; nie sklasyfikowano osób deklarujących więcej niż jeden język ojczysty, Gemeindelexikon für das Königreich Preußen. Heft V. Provinz Posen, Berlin 1908..
Podczas powstania wielkopolskiego zajęty przez oddział powstańczy pod dowództwem Józefa Kudlińskiego, zakreślając najdalszy zasięg powstania na zachodzie. Mimo tego na mocy traktatu wersalskiego z 1919 roku Babimost pozostał w granicach Niemiec. Do Polski powrócił po 152 latach zaboru dopiero po II wojnie światowej w 1945 roku.