Sezon 2008 był ostatnim dla Hagi w tym zespole. Walkę o tytuł uniemożliwiła mu bardzo nierówna forma. Japończyk zwyciężył w aż siedmiu wyścigach, jednakże sukcesy przeplatały się z kiepskimi wynikami, co w efekcie dało 3. lokatę, za zespołowym partnerem Corserem.
W roku 2009 Japończyk podpisał kontrakt z mistrzowską ekipą Ducati Corse, w której zastąpił kończącego karierę Troya Baylissa. Po raz trzeci w karierze Haga został wicemistrzem świata, po zaciętym pojedynku z debiutantem Benem Spiesem (tytuł przegrał różnicą sześciu oczek). Dzięki równej i konsekwentnej jeździe Noriyuki prowadził przez większą część zmagań (jego przewaga w pewnym momencie sięgała nawet blisko sto punktów). Punktem kulminacyjnym sezonu okazał się jednak ciężki wypadek podczas drugiego wyścigu, na torze Donington Park, w którym Nitro-Nori o mało nie doznał złamania kręgosłupa. Dzięki miesięcznej przerwie w kalendarzu Haga mógł wystartować na torze Masaryk Circuit, jednakże nie był w stanie walczyć o czołowe lokaty. Kolizja z Jonathanem Reą (na torze w Niemczech) spowodował, iż Japończyk spadł na drugą pozycję w klasyfikacji generalnej. W kolejnych wyścigach Haga spisywał się jednak lepiej od Amerykanina i na rundę przed zakończeniem sezonu prowadził z przewagą dziesięciu punktów.