W warunkach klinicznych przekazywał studentom nie tylko wiedzę medyczną – dawał uczniom przykład wielkiej empatii, postawy minimalizującej wszystkie nieprzyjemne doznania, na jakie bywają narażeni pacjenci w szpitalach; kierował się złotą zasadą:
W 1864 roku Lister stracił matkę, która zmarła na różę (jedną z chorób „wielkiej czwórki”). Nasiliła się chęć powrotu do Londynu, a również tęsknota za Edynburgiem i idealną współpracą z teściem. W Glasgow nadal starannie przygotowywał codzienne wykłady i pracował w szpitalu; kontynuował też badania histopatologiczne, prowadzone z pomocą żony w domowym laboratorium. Zapoznawał się z opracowaniami lekarzy, m.in. na temat gorączki połogowej (zob. , Oliver Wendell Holmes, Ignaz Semmelweis), cholery (William Budd z , John Snow). Wypróbowywał skuteczność różnych metod odkażania, m.in. „Condy’s Crystals” („Condy’s Fluid” – KMnO4, zob. ) i inne. Próby te opisywał ówczesny dresser, Archibald Malloch – później znany kanadyjski chirurg (nadal wspierany przez „szefa”). Zwrócił też uwagę na kwas karbolowy, często stosowany poza chirurgią jako środek zapobiegający gniciu (np. w oczyszczalniach ścieków lub do impregnacji podkładów kolejowych i wręg statków.