Pokój w Outremer został zakłócony w 1197 r., kiedy do Królestwa przybyli krzyżowcy niemieccy. We wrześniu, bez porozumienia z Henrykiem, zaatakowali oni terytorium muzułmańskie. Rychło zostali otoczeni przez przeciwników i tylko interwencja króla uratowała ich od klęski. Po powrocie do Akki do Henryka nadeszły wieści o muzułmańskim ataku na Jafę. Henryk rozpoczął przygotowania do udania się do miasta. 10 września, podczas przeglądu wojsk, wypadł przez nieuwagę tyłem przez okna swojego pałacu. Towarzyszący królowi karzeł imieniem Scarlet próbował przytrzymać króla, ale ten pociągnął go za sobą. Henryk przeżył upadek, ale zmarł wkrótce z powodu odniesionych obrażeń. Królowa Izabela poślubiła wkrótce Amalryka z Lusignan.
Steven Runciman tak opisał Henryka: Cieszył się on wielką popularnością. Choć nie jaśniał wrodzonymi talentami, to jednak dzięki swemu taktowi, wytrwałości i poleganiu na dobrych doradcach okazał się zdolnym władcą, który z każdego doświadczenia wyciągał dla siebie lekcję.
Potomkowie Z małżeństwa z Izabelą Henryk urodziły się trzy córki: Maria (ur. 1193), zmarła w dzieciństwie Alicja (1195–1246), żona najpierw Hugona I, króla Cypru, potem Boemunda V, księcia Antiochii, i Raula de Soissons Filipa (ok. 1196 – 20 grudnia 1250), od 1214 r.