Psychoanalityczne studium stygmatyczki Therese Neumann sugeruje, że jej stygmaty były wynikiem stresu pourazowego objawiającego się nieuświadomionymi aktami samookaleczenia i wynikającymi z nadmiernej podatności na autosugestię.
W swojej książce „Stigmata: A Medieval Phenomenon in a Modern Age” („Stygmaty – średniowieczny fenomen naszych czasów”) Ted Harrison sugeruje, że istnieje więcej niż jeden mechanizm prowadzący do pojawienia się stygmatów. Badając współczesne przypadki stygmatów, Harrison wyklucza ich nadprzyrodzone pochodzenie. Stwierdza jednak, że rany pochodzenia naturalnego niekoniecznie są oszustwem. Niektórzy stygmatycy naznaczają się sami, chcąc w ten sposób uczestniczyć w cierpieniu Chrystusa – w takich przypadkach stygmatyzacja jest formą pobożności. Inni ranią się przypadkowo i ich znaki zostają rozpoznane przez świadków jako stygmaty. Często rany takie powodują głębokie i autentyczne przeżycia religijne. Pojawianie się stygmatów często zbiegało się w czasie z niepokojami w Kościele katolickim związanymi z kwestiami władzy. Znaczący był nie tyle fakt, że stygmatykami byli głównie mężczyźni, ale że były to osoby niewyświęcone. Posiadanie stygmatów dawało im bezpośredni dostęp do Ciała Chrystusa, bez konieczności pośrednictwa Kościoła i uczestniczenia w Eucharystii.