Wkrótce potem zawiązano III koalicję antyfrancuską. W 1805 austriacka armia zaatakowała Bawarię, ale została wymanewrowana przez Napoleona i w październiku skapitulowała pod Ulm. Franciszek musiał uznać królewskie tytuły, przyjęte pod patronatem Napoleona przez władców Bawarii i Wirtembergii i zadowolić się jedynie deklaracją, że nie oznacza to secesji obu krajów z Rzeszy Niemieckiej. 2 grudnia 1805 połączone siły austriacko-rosyjskie (Franciszek i car Aleksander I) przegrały bitwę z Francuzami pod Austerlitz. Pokojem w Preszburgu Austria oddawała Francji Dalmację, Wenecję, Tyrol i Górną Szwabię. Porażka osłabiła austriacką pozycję w I Rzeszy. 12 lipca 1806 powstał Związek Reński, obejmujący większość państw niemieckich, a Franciszek został zmuszony przez zwycięskiego Napoleona do wydania aktu, w którym zrzekał się tytułów cesarza rzymskiego i króla niemieckiego (abdykował 6 sierpnia 1806) oraz zwalniał stany Rzeszy ze zobowiązań względem Cesarstwa. Był to koniec Świętego Cesarstwa Rzymskiego. W ten sposób tradycja cesarstwa Franków i protektorat nad Niemcami przechodził w ręce Francuzów. mały|Portret Franciszka I, autorstwa Thomasa Lawrence'a, ok.  1818–19 Przez kolejne trzy lata Austria stała przy boku Napoleona. Jednak francuska inwazja na Hiszpanię i obalenie dynastii Burbonów zaniepokoiły dwór cesarski.