Stopniowo kolejni książęta podpisywali pokoje lub rozejmy z Francją i Szwecją. W 1645 r. armia szwedzka marszałka Lennarta Torstenssona pokonała siły cesarskie pod Jüteborgiem i Jankowicami. W 1648 r. pod Zursmarshausen wojska francuskie (Tureniusz) i szwedzkie (gen. Karol Gustaw Wrangel) po raz kolejny odniosły zwycięstwo nad armią cesarza. Droga do Austrii i Wiednia już wcześniej stała otworem, a na zachodzie kolejne klęski ponosili Hiszpanie. Cesarz musiał zgodzić się na podpisanie traktatu westfalskiego (24 października 1648 r.). W marcu 1650 r. Ferdynand III wydał specjalny edykt regulujący egzekucję postanowień pokoju w Niemczech. W 1653 r. zwołał jeszcze Sejm Cesarstwa dla rozpatrzenia spraw wykonania postanowień pokoju.
Sprawy niemieckie po 1648 r. W 1653 r. Sejm Cesarstwa zakazał cesarzowi nadawania statusu stanu Rzeszy oraz godności książęcych i elektorskich bez zgody elektorów i książąt. W 1654 r. Ferdynand III zaakceptował ustawę Sejmu Cesarstwa pozwalającą książętom i stanom Rzeszy na samodzielne zbieranie podatków na cele obronne. Wzmocniło to pozycję książąt zarówno wobec cesarza, jak i wobec poddanych.
Sprawy ziem dziedzicznych W 1641 r. jako król czeski wydał edykt wprowadzający placetum regium, czyli zakaz publikacji bulli i listów papieskich bez zgody cesarza (króla).