W latach 1640–1641 sprzeciwiał się przemarszowi wojsk polskich z Rzeczypospolitej do Flandrii, uzgodnionemu w ramach polsko-hiszpańskiego traktatu sojuszniczego.
W 1643 r. rozpoczął negocjacje pokojowe ze Szwedami, Holendrami i Francuzami w Münster i Osnabrück. Ambasadorem cesarza został Maksymilian hrabia von Trauttmansdorff. Pod wrażeniem pogarszającej się sytuacji obozu katolickiego, upadku władzy cesarskiej i ruiny Niemiec, w 1644 r. Ferdynand III przyznał książętom i stanom Rzeszy prawo do samodzielnego zawierania traktatów i prowadzenia wojen (ius belli ac pacis). Liczył na to, że głosy książąt wesprą go podczas negocjacji pokojowych w toczącej się wojnie trzydziestoletniej. Decyzja Ferdynanda przyczyniła się do osłabienia władzy centralnej w Świętym Cesarstwie Rzymskim.