Polityka wewnętrzna W Niemczech Karol V angażował brata do pomocy w prowadzeniu spraw Rzeszy. W 1521 r. został mianowany nie tylko władcą Austrii, ale także przewodniczącym Rady Cesarskiej (Reichsregiment), organu asystującego cesarzowi w zarządzaniu Świętym Cesarstwem. W styczniu 1531 r., wskutek zabiegów brata, został w Kolonii wybrany przez książąt-elektorów na „króla Rzymian”, czyli króla Niemiec. Tytuł ten czynił go następcą Karola na tronie cesarskim, a to gwarantowało sukcesję Habsburgów państwie niemieckim. W elekcji brali udział: sam Ferdynand jako król czeski, margrabia brandenburski Joachim I Nestor, palatyn Reński Ludwik V, książę saski Jan Stały, książę-arcybiskup Moguncji kard. Albrecht Hohenzollern, książę-arcybiskup Kolonii Herman V von Wied oraz książę-arcybiskup Trewiru Johann III von Metzenhausen. Koronacja królewska odbyła się tradycyjnie w Akwizgranie.
W 1524 r. jako arcyksiążę Austrii Ferdynand I uczestniczył w zjeździe katolickich książąt Rzeszy w Ratyzbonie. Potwierdzono na nim zakaz czytania dzieł Marcina Lutra. Później, jako król i cesarz rzymski, prowadził jednak politykę kompromisu na szczeblu ogólnoniemieckim. W 1552 r.