Po śmierci księżnej (1559 r.) Zygmunt August poczuwał się do obowiązku dbania o interesy i bezpieczeństwo siostrzeńca, wdał się więc w długie i trudne negocjacje z nieustępliwym Ferdynandem.
Argumentami w sporze mogły być inne problemy polityczne. W 1557 Ferdynand I jako zwierzchnik zakonu krzyżackiego wystąpił w obronie niezależności inflanckiej gałęzi zakonu krzyżackiego i jej państwa w Inflantach. W tym czasie o wpływy i faktyczną kontrolę nad podupadającym państwem zakonnym rywalizowali król Polski Zygmunt August i car Moskwy Iwan IV Groźny. Posłowie cesarscy pośredniczyli przy zawieraniu układu w Poswolu pomiędzy Polską a Zakonem. Gdy w 1559 r., po moskiewskim najeździe na Inflanty, zakon zwrócił się z prośbą o pomoc do cesarza, Ferdynand nie był w stanie przeprowadzić żadnych działań, nie chciał też otwarcie występować przeciw Moskwie, szczególnie że car głosił ideę krucjaty przeciw protestantom inflanckim. Do końca życia cesarz pozostał w zasadzie neutralny wobec I wojny północnej, milcząco godząc się na rozbiór państwa zakonnego pomiędzy Polskę, Danię i Moskwę.