Hierarcha interesował się sytuacją Kościoła prawosławnego na Ukrainie. Na początku lat 90. na jej obszarze ponownie zaczął legalnie działać Kościół katolicki obrządku bizantyjsko-ukraińskiego, co stało się przyczyną konfliktów o przynależność obiektów sakralnych. W związku z tym arcybiskup Teodozjusz poprosił o przeniesienie na jedną z katedr Patriarchatu Moskiewskiego na Ukrainie, gdzie ze szczególną siłą rozgrywał się konflikt prawosławno-greckokatolicki. Zgodnie z jego prośbą 19 lutego 1990 został wyznaczony na katedrę chmielnicką. Wielu wiernych astrachańskich odwiedzało następnie szanowanego przez siebie biskupa na Ukrainie. Początkowo popierał autokefalizację Ukraińskiego Kościoła Prawosławnego. W 1992 stwierdził jednak, iż w czasie pracy duszpasterskiej na Ukrainie doszedł do wniosku, iż wierni nie popierają tego kroku, winien więc także zmienić swoje stanowisko.