Rodrigues przybył do Japonii wraz ze swym towarzyszem o. Francisco Garrpe w 1638 roku. Zakonnicy znaleźli chrześcijan ukrywających się i w wielkim rozproszeniu. Władze zmuszały podejrzanych o chrześcijaństwo do deptania wizerunków Jezusa i świętych, tzw. fumi-e. Opierających się więziono i skazywano na śmierć przez wykrwawienie, wieszając ich głową w dół. Chrześcijanie, którzy deptali święte obrazy, aby zachować życie, na zawsze żyli w poczuciu wielkiego wstydu.
Powieść relacjonuje prześladowania wiernych kościołowi i przeżycia Rodriguesa. Poznając je, czytelnik zostaje niejako wprowadzony w okoliczności apostazji Ferreiry. Główny bohater zostaje zdradzony przez Kichijirō, podobnie jak Chrystus przez Judasza. W kulminacyjnym momencie, gdy Rodrigues wpatruje się w fumi-e, Jezus łamie milczenie:
Przyjęcie książki W 1966 r. autor otrzymał za książkę Nagrodę im. Tanizakiego. Milczenie było szeroko analizowane i oceniane. William Cavanaugh odniósł się do poruszonej przez Endō "moralnej dwuznaczności", interpretując ją, jakoby Bóg w powieści, "zamiast usunąć cierpienie, zdecydował się dzielić je z ludzkością".