W czasach Rzeczypospolitej szlacheckiej (1466–1772) Jeżewo należało nadal do biskupów kujawskich. W 1582 r. wieś posiadała 47 włók (ponad 800 ha) ziemi, pięć jezior: Krukwie, Strzemiętowo, Pleśno, Ostrów i Jeżewko, obszerny las, z którego drewno sprzedawano w Świeciu. We wsi istniał młyn, szkoła, w której w 1583 r., nauczycielem był Blasimo Wolski, szpital parafialny i karczma słynąca z podawanego w niej wspaniałego winaVisitationes Archidiaconatus Pomeraniae,Hieronymo Rozrażewski Vladislaviensi et Pomeraniae episcopo factae, Kujot S. (red.), 1897, Toruń, „Fontes”. Praca chłopów odbywała się w ramach folwarku biskupiego, który zajmował się produkcją zbóż: żyta, jęczmienia, owsa, pszenicy oraz grochu. Część zbiorów – głównie żyta – sprzedawano w Gdańsku.
W XVII wieku wieś podupadła w wyniku wojen polsko-szwedzkich. W 1676 r. biskupi wydzierżawili Jeżewo szlachcicowi Jakubowi Dorpowskiemu. Pod koniec tego stulecia wieś wróciła do biskupów włocławskich, którzy włączyli folwark jeżewski do klucza komorskiego. Na przełomie XVII/XVIII wieku nastąpiła kolejna przebudowa kościoła parafialnego, który wyposażono w barokowe ołtarze.