Po wykupie hrabstwa kłodzkiego przez cesarza w 1567 r. miasto znalazło się pod bezpośrednim panowaniem Habsburgów. W 1617 rada miejska wykupiła na trwałe urząd wójtowski i przywilej sądowniczy. U progu wojny trzydziestoletniej miasto liczyło 2 tys. mieszkańców. W czasie wojny było wielokrotnie plądrowane przez wojska walczących stron, nakładające nań kontrybucje i karzące mieszczan niewłaściwego w danej chwili wyznania. Miasto było oblegane przez powstańców chłopskich pod dowództwem sołtysa Wolffa z Długopola Dolnego. Rebelia została krwawo stłumiona przez sześciotysięczny oddział lisowczyków. W 1622 dokonano przymusowej rekatolizacji miasta, co doprowadziło do kolejnego odpływu ludności, tym razem do Rzeczypospolitej. Pod koniec wojny, w 1646 r. wojska szwedzkie zajęły i splądrowały miasto. Wkrótce cesarska załoga Kłodzka podpaliła Bystrzycę, aby wyprzeć z niej Szwedów. W 1663 Bystrzyca liczyła 1350 mieszkańców. Pożary niszczyły miasto także w latach 1703, 1753, 1763, 1800, 1823. W 1719 na Rynku otwarto urząd pocztowy.