Po wojnach husyckich nastąpił ponowny rozwój miasta. W 1473 r. książę ziębicki i hrabia kłodzki Henryk I Starszy z Podiebradów nadał Bystrzycy prawo mili. W 1475 miasto zostało znacznie zniszczone przez wielki pożar. Szybkiej odbudowie i rozkwitowi miasta pomógł rozwój sukiennictwa i płóciennictwa. W 1522 miasto było przeważająco protestanckie, skutkiem czego w 1545 proboszcz katolicki opuścił miasto. Było ośrodkiem radykalnych ruchów religijnych i społecznych, szwenkfeldystów, anabaptystów i huterytów. Przebywali tu osobiście Kaspar Schwenkfeld, Fabian Eckel, Jakob Hutter i Peter Riedemann. Sukcesywnie luteranizm przejmował wyznawców innych konfesji i po 1540 stanowił większość wśród mieszkańców miasta. W 1548 na mocy edyktu cesarskiego wygnano anabaptystów, którzy udali się do Prus i na Morawy. W roku tym powstała gmina ewangelicka z pastorem J. Tyrannem z Ząbkowic Śląskich, która w 1564 r. przejęła kościół parafialny. W 1514 r. miasto zyskało wodociąg, w 1541 zakończono budowę nowego ratusza, w latach 1556–1566 wybrukowano rynek.