Fabuła Akcja gry rozpoczyna się w portowym mieście Caldera, około 10 lat po wydarzeniach z poprzedniczki. Resztki sił inkwizycji zebrały się w kryształowej twierdzy i wciąż próbują walczyć z Tytanami. Niestety, morskie potwory topią statki, które miały dostarczyć ważne zaopatrzenie. Głównym bohaterem pozostaje bohater pierwszego Risena. Teraz jednak jest załamanym i zgorzkniałym człowiekiem, który w dodatku sięgnął po alkohol. Nosi przepaskę na jednym oku, gdyż stracił je, gdy inkwizycja odebrała mu monokl po akcji gry Risen. Na początku gry bohater rozmawia z Carlosem (znanym z pierwszej części), który prosi bohatera o pomoc w sprawie statku, który zatonął u wybrzeży wyspy. Wśród ocalałych jest dawna przyjaciółka bohatera: Patty. Poszukuje ona swego ojca, słynnego pirata Gregoriusa Emanuela Stalowobrodego, który według plotek znalazł sposób na bezpieczną żeglugę po oceanach. Bohater i kobieta decydują się współpracować, aby go odnaleźć.
Główni bohaterowie Główny bohater gry, podobnie jak w innych grach firmy Piranha Bytes, nie ma imienia. Jest po prostu nazywany bezimiennym bohaterem.