Po dwóch latach od zwolnienia z zarządu eparchii został arcybiskupem omskim i tiumeńskim, zaś w 1963 – kałuskim i borowskim.
W 1965 arcybiskup Hermogen został odsunięty od czynnej działalności duszpasterskiej, przesunięty w stan spoczynku z nakazem zamieszkiwania w monasterze w Żyrowicach z powodu swojego protestu przeciwko zmianom w statucie Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego dotyczącym sposobu zarządzania parafiami. Wbrew stanowisku Synodu, przyjętemu pod naciskiem władz świeckich, arcybiskup Hermogen domagał się, by proboszczowie byli członkami rad parafialnych, a nie tylko „zewnętrznymi pracownikami” parafii, których usunięcie przez radę było w każdej chwili możliwe. Pismo zredagowane w tej sprawie przez hierarchę zostało podpisane przez dalszych dziewięciu hierarchów. Był to jedyny przypadek podobnego wystąpienia w powojennej historii Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego. Mimo odsunięcia od zarządzania katedrą Hermogen nadal kierował do patriarchy pisma w sprawie statutu Kościoła, co zostało – ponownie pod naciskiem władz – uznane za działalność antykościelną.