27 stycznia 1931 archimandryta Hermogen został skazany na dziesięć lat łagrów pod zarzutem prowadzenia działalności antyradzieckiejN. Kostienko, G. Kuzowkin, S. Łukaszewski, "Письмо десяти" – единственный случай протеста архиереев РПЦ МП советского времени против "руководящей линии". Chociaż w 1939 uzyskał ułaskawienie, do służby duszpasterskiej wrócił dopiero po II wojnie światowej, jako proboszcz parafii w Trusowie (Obwód astrachański). W czerwcu 1945 został proboszczem parafii przy soborze Opieki Matki Bożej w Astrachaniu. Od września 1948 do stycznia 1953 był proboszczem parafii przy soborze w Samarkandzie.
1 marca 1953 w soborze Objawienia Pańskiego w Moskwie miała miejsce jego chirotonia na biskupa taszkenckiego i Azji Środkowej. Jako konsekratorzy w ceremonii udział wzięli patriarcha moskiewski i całej Rusi Aleksy I, metropolita kruticki i kołomieński Mikołaj oraz arcybiskup możajski Makary. Doprowadził do znaczącej rozbudowy soboru Zaśnięcia Matki Bożej w Taszkencie. W 1960 został zwolniony z zarządzania eparchią i skierowany na urlop.