doszedł do przekonania, że Stany Zjednoczone nie pozwolą Iranowi wygrać wojny. W czerwcu tego samego roku Ruhollah Chomejni powierzył mu obowiązki dowódcy naczelnego armii irańskiej oraz Korpusu Strażników Rewolucji Islamskiej, nakazując mu dokonanie oceny sytuacji na froncie, a nieoficjalnie – także przekonanie całego dowództwa Korpusu do zawieszenia broni. Haszemi Rafsandżani reprezentował poglądy konserwatywne, centroprawicowe, w działaniach politycznych cechował go pragmatyzm. Współtworzył irańską prawicę pragmatyczną, różniącą się w praktyce działania od prawicy fundamentalistycznej, najsilniejszej po rewolucji. Był admiratorem XIX-wiecznego polityka irańskiego Amira Kabira, któremu poświęcił monografię.
Prezydent Iranu (1989–1997) 28 lipca 1989 r. Haszemi Rafsandżani został wybrany na prezydenta Iranu zgodnie z życzeniem wyrażonym przed śmiercią przez Chomejniego. Uzyskał 15,5 mln głosów z 16,5 mln ogółem oddanych. Ruhollah Chomejni życzył sobie, by władzą w kraju po jego śmierci podzielili się Haszemi Rafsandżani jako prezydent oraz Ali Chamenei jako Najwyższy Przywódca.