W 1. Bundeslidze zespół grał tylko w sezonie 1991/92, ale potem utrzymywał się w niej w latach 1995–2005, będąc przez większość tego okresu jedynym klubem Bundesligi z dawnej NRD (poza Hansą w Bundeslidze grał wtedy tylko klub Energie Cottbus, ale jedynie przez 3 sezony). Ponownie w Bundeslidze Hansa zagrała jeszcze w sezonie 2007/08, od razu spadając.
Rekordzistą klubu pod względem występów jest Hilmar Weilandt (365 mecze), a najwięcej goli dla Hansy zdobył Rainer Jarohs (166 goli). Najwyższe zwycięstwo „u siebie” w Bundeslidze klub zanotował w meczu przeciwko Borussii Dortmund (5:1, 14 sierpnia 1991) oraz czterokrotnie 4:0 – przeciwko 1. FC Nürnberg (3 sierpnia 1991), Hercie BSC (20 września 1997), SC Freiburg (9 lutego 2002) oraz 1. FC Kaiserslautern (8 listopada 2003). Najwyższą porażkę u siebie Hansa zanotowała w meczu przeciwko Hamburgerowi SV (0:6, 14 listopada 2004), najwyższym zwycięstwem na wyjeździe jest wygrana 4:0 nad Energie Cottbus (24 sierpnia 2002), a najwyższa porażka to 1:6 przeciwko Bayernowi Monachium (9 września 1998) oraz dwukrotnie 0:5 przeciwko FC Schalke 04 (12 października 1991) oraz SC Freiburg (17 września 1999).
W 2010 r. zespół po raz pierwszy w historii został zdegradowany do 3. ligi (po przegranych barażach z drużyną FC Ingolstadt 04).