Hansa w Oberlidze NRD (najwyższej klasie rozgrywkowej NRD) już w 1955 zajęła drugie miejsce. Były to jednak rozgrywki skrócone, niezaliczane do mistrzostw NRD, rozegrane dodatkowo z powodu zmiany terminarza z jesień-wiosna na wiosna-jesień. Empor Rostock był potem trzy razy z rzędu wicemistrzem NRD w rozgrywanych ponownie systemem jesień-wiosna sezonach 1961/62, 1962/63 i 1963/64, a jako Hansa zdobył tytuł wicemistrzowski po raz czwarty w sezonie 1967/68.
W późniejszych latach Hansa Rostock zajmowała na ogół niższe miejsca w Oberlidze NRD, natomiast w sezonie 1990/91 zajęła pierwsze miejsce w ostatnich w historii rozgrywkach wschodnioniemieckiej Oberligi (nazwanej wtedy Nord-Ostdeutscher Fussbalverband – NOFV Oberliga), które stanowiły eliminacje włączające kluby wschodnich Niemiec do rozgrywek Bundesligi. Nie została oficjalnym ostatnim mistrzem NRD, gdyż rozgrywki te zakończyły się już po zjednoczeniu Niemiec, ale uzyskała przydzielone dawnej NRD miejsce w eliminacjach Pucharu Europy w sezonie 1991/1992. Uległa w pierwszej rundzie późniejszemu zwycięzcy tych rozgrywek, drużynie FC Barcelona.