W czasie okupacji niemieckiej szkoła, podobnie jak pokrewne jej placówki, została zamknięta. Jednak nauczyciele i uczniowie nie przerwali działalności, prowadząc tajne nauczanie. Po zakończeniu II wojny światowej szkoła wznowiła działalność. W dniu 9 lipca 1945 roku rozpoczęto pierwszą powojenną maturę. Po reorganizacji szkolnictwa w latach 1945–1948 szkołę przekształcono w świecką i koedukacyjną Szkołę Ogólnokształcącą stopnia Licealnego Towarzystwa Przyjaciół Dzieci nr 3. W roku szkolnym 1953/54 zmieniono nazwę szkoły na III Liceum Ogólnokształcące im. Jana Kochanowskiego. W 1958 roku szkołę przyjęto do tzw. „szkół stowarzyszonych” biorących udział w eksperymencie pedagogicznym UNESCO. Sześć lat później, w 1964 roku, otrzymała nowy sztandar, który jest przechowywany w Izbie Tradycji szkoły. Od 1996 roku szkoła używa nowego sztandaru, ufundowanego przez Radę Rodziców z okazji obchodów 90-lecia założenia liceum.