W 1918 roku, po odzyskaniu przez Polskę niepodległości, w związku z reformą systemu oświaty zrestrukturyzowano szkołę. Została ona podzielona na dwa szczeble: trzyletnie gimnazjum niższe i pięcioletnie gimnazjum wyższe. Zmieniono również nazwę na V Państwowe Gimnazjum Neoklasyczne. Jeszcze w 1921 roku gimnazjum nie miało w nazwie Jana Kochanowskiego. W 1925 roku pełna nazwa gimnazjum brzmiała V Państwowe Gimnazjum im. Jana Kochanowskiego w Krakowie. Zarządzeniem Ministra Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego z 1937 zostało utworzone „V Państwowe Liceum i Gimnazjum im. Jana Kochanowskiego w Krakowie” (państwowa szkoła średnia ogólnokształcąca, złożona z czteroletniego gimnazjum i dwuletniego liceum), po wejściu w życie tzw. reformy jędrzejewiczowskiej szkoła miała charakter męski, a wydział liceum ogólnokształcącego był prowadzony w typie humanistycznym. Pod koniec lat 30. szkoła funkcjonowała pod adresem ulicy Jana Kochanowskiego 5.