W lipcu 1941 roku wstąpiła na terenie Warszawy do sowieckiej wywiadowczej Samodzielnej Grupy Spadochronowej „Michał”, w której pełniła funkcję łączniczki i sanitariuszki ps. Wiera. Od 1 marca 1943 do 1 sierpnia 1944 roku była członkiem siatki więziennej AK na Pawiaku, w więzieniu kobiecym „Serbia”, w charakterze starszej strażniczki. Celem podjęcia się pracy w okupacyjnym więzieniu było m.in. wzmocnienie dróg łączności z siatką wewnętrzną, na której, po spacyfikowaniu męskiego personelu Pawiaka, spoczywał cały ciężar wywiadu w tym obiekcie. Działalność Zofii Dollinger na Pawiaku wymagała dużej odwagi, gdyż łączyła się ona z zagrożeniem życia, głównie ze strony okupantaK. Bedyński, Warszawska konspiracja więzienna 1939–1944 (udział polskiego personelu), [w:] „Archiwum Kryminologii”, t. XXI, 1995, s. 210–211.. W czasie powstania warszawskiego była siostrą operacyjną szpitala powstańczego w Zgrupowaniu „Chrobry II” przy ul. Śliskiej 51, następnie w szpitalu w podziemiach PKO przy ul. Świętokrzyskiej. Po upadku powstania przeszła przez obóz w Pruszkowie, a następnie przebywała w Opocznie.