Na pamiątkę tego zdarzenia pozostawił na tym miejscu drewniany krzyż, zaś w 1660 powołał do życia monaster Podwyższenia Krzyża Pańskiego. Po uspokojeniu się pogody duchowny dotarł na stały ląd, następnie przez dziesięć dni przemieszczał się na południe, by ostatecznie dotrzeć do Kożejezierskiego Monasteru Objawienia Pańskiego.
Pobyt w Kożejezierskim Monasterze Objawienia Pańskiego right|thumb|Kożejezierski Monaster Objawienia Pańskiego, widok z 2008 Po dotarciu do klasztoru mnich Nikon otrzymał zgodę na osiedlenie się w pustelni w jego sąsiedztwie, gdzie mógł wieść życie według reguły przyjętej w skicie na Wyspie Anzerskiej. W oczach mnichów był kontynuatorem dzieła mnicha Nikodema, który w tym samym miejscu spędził 30 lat w całkowitym odosobnieniu i był uważany za świętego starca. Jego autorytet wzrósł na tyle, że w 1642, po śmierci poprzedniego przełożonego, ihumena Jonasza, Nikon został wybrany na jego następcę i podniesiony do godności ihumena przez metropolitę nowogrodzkiego.