Młody posłusznik nie złożył ślubów mniszych, gdyż jego rodzina zażądała od niego zawarcia małżeństwa. Ożenił się w 1624 lub 1625. Z nieznaną z imienia żoną osiedlił się we wsi Łyskowo lub Kirikowo (ziemia niżnonowogrodzka) i przyjął święcenia kapłańskie. Przez pewien czas przebywał również w Moskwie, gdzie według niektórych źródeł był proboszczem jednej z parafii. Jego małżeństwo okazało się nieudane, ponadto wszystkie pochodzące z niego dzieci (trójka) zmarły przedwcześnie. Najpóźniej w 1636 skłonił żonę do złożenia ślubów mniszych w monasterze św. Aleksego w Moskwie, sam zaś wstąpił do skitu Trójcy Świętej na Wyspie Anzerskiej (filia Monasteru Sołowieckiego).
Życie mnisze Pobyt w skicie Trójcy Świętej na Wyspie Anzerskiej right|thumb|Skit Trójcy Świętej na Wyspie Anzerskiej, monaster, w którym późniejszy patriarcha Nikon rozpoczynał życie zakonne Przyszły patriarcha złożył wieczyste śluby mnisze przed późniejszym świętym mnichem Eleazarem, twórcą i przełożonym skitu Trójcy Świętej. Według niektórych autorów jego decyzja o wstąpieniu do monasteru była podyktowana chęcią zrobienia kariery w hierarchii duchownej.