Przełomowym momentem w dziejach Towarzystwa było pozyskanie dr Ericha Schmidta, urodzonego w 1861 r. w Łobżenicy, wychowanego w Bydgoszczy. On jako pierwszy urzeczywistnił dalsze cele statutowe towarzystwa, jakimi były działalność wykładowa i wydawnicza, zwłaszcza z zakresu na nowo odkrywanej historii Bydgoszczy. Wyniki jego badań historii miasta i sprawozdania z wykopalisk, znajdują się w rocznikach towarzystwa, które ukazywały się w latach 1866–1899 i po dziś dzień stanowią wartościowe źródło historyczne.
W 1885 r. zostało w Poznaniu założone „Towarzystwo Historyczne dla Prowincji Poznańskiej”, któremu władze prowincji usiłowały podporządkować stowarzyszenie bydgoskie. W tej sytuacji, w 1888 r. zmieniło ono nazwę na Towarzystwo Historyczne dla Dystryktu Nadnoteckiego w Bydgoszczy (niem. Historische Gesellschaft für den Netzedistrikt zu Bromberg). Dokonano w ten sposób jednoznacznego rozgraniczenia sfer wpływów w stosunku do Poznania, chociaż sięgnięto przy tej okazji do nazewnictwa, które politycznie było już nieaktualne.