Od 1957 roku w pobliżu miasta działała hydroelektrownia. Tysiące turystów przyjeżdżało tu podziwiać pozostałości kultury islamskiej.

Od marca 1992 Mostar znajdował się w granicach niepodległej Bośni i Hercegowiny. Jednak w maju 1992 rozpętały się bratobójcze walki. W mieście toczyły się najpierw walki Bośniaków i Chorwatów przeciwko Serbom. W jej trakcie zniszczony został zabytkowy sobór Trójcy Świętej z 1873 rokuSABORNA CRKVA (CRKVA SVETE TROJICE) U MOSTARU.. Następnie, od maja 1993, Chorwatów z Bośniakami. Przez 10 miesięcy Chorwaci oblegali wschodnią część miasta zamieszkaną przez bośniackich muzułmanów. Została ona niemal doszczętnie zniszczona. Zburzono większość zabytków architektury, w tym wszystkie meczety z XVII–XVIII wieku. Zawieszenie broni pomiędzy Chorwatami i Bośniakami podpisano 25 lutego 1994 roku. Od tego czasu miasto, pod nadzorem międzynarodowym, pozostaje podzielone na dwie niechętne sobie części – bośniacką (muzułmańską) i chorwacką. Jeszcze pięć lat po wojnie miasto nie było bezpieczne. Wciąż dochodziło do utarczek między mieszkańcami obu jego części. Obecnie sytuacja się ustabilizowała. Mostar odzyskuje znaczenie głównego ośrodka politycznego, gospodarczego i kulturowego Hercegowiny. Jego odbudowa i rozbudowa rozpoczęła się zaraz po wojnie. Systematycznie odradza się przemysł i rzemiosło.