W średniowieczu brzegi rzeki Neretwy były tu połączone stałym drewnianym mostem. Po raz pierwszy nazwa Mostar pojawia się w tureckim spisie z lat 1468–1469. W XVI wieku Turcy założyli tu twierdzę, a w 1566 roku dotychczasowy drewniany most został zastąpiony kamiennym, który znany jako Stary Most. Po jego obu stronach rozwinęło się miasto, które było tureckim centrum administracyjnym, handlowym i rzemieślniczym w Hercegowinie. W 1875 roku wybuchło tu powstanie antytureckie. Po jego upadku miasto przeszło pod panowanie Austro-Węgier (do 1918 roku). W tym czasie rozwijała się kultura serbska i serbski ruch narodowy. W Mostarze mieszkało wielu uczonych i literatów. Był to również okres wzrostu ekonomicznego i urbanizacji. Po zakończeniu I wojny światowej Mostar wszedł w skład Królestwa Serbów, Chorwatów i Słoweńców, późniejszej Jugosławii. W czasach socjalistycznych powstało wiele nowych budynków, Stare Miasto zachowało jednak średniowieczny charakter. Jeszcze w latach 80. XX wieku niemal bezkonfliktowo żyli tu obok siebie Chorwaci, bośniaccy muzułmanie, Serbowie i inne narodowości. W 1991 roku Mostar liczył 126 tys. mieszkańców, był dużym ośrodkiem przemysłowym, gospodarczym i turystycznym. Wydobywano tu węgiel brunatny i boksyty. Na ich podstawie rozwinęła się huta aluminium i przemysł metalurgiczny.