II wojna światowa Okupacja niemiecka ciężko doświadczyła Wincentego Spaltensteina, podobnie jak innych chorzowskich polityków, działaczy społecznych i uczestników powstań śląskich. Po powrocie do Chorzowa w październiku 1939 r. (po wybuchu wojny wyjechał wraz z rodziną do powiatu miechowskiego), Spaltenstein był przesłuchiwany, szykanowany, zarekwirowano jego dom, a następnie 24 maja 1940 r. został aresztowany przez gestapo i osadzony kolejno w obozach koncentracyjnych: Dachau, Sachsenhausen, Hamburg-Neuengamme oraz ponownie w Dachau. Zwolniony został 25 października 1941 r.Tamże.

Po zwolnieniu aż do zakończenia wojny mieszkał w Częstochowie, gdzie pracował jako urzędnik w Wodociągach Miejskich. Nawiązał współpracę z Polskim Państwem Podziemnym, działał także w Delegaturze Rządu Polskiego w Londynie na Okręg Śląski (najpierw jako zastępca, a od 7 czerwca 1944 r. p.o. Delegata), a także był komisarycznym zarządcą Biura Ziem Nowych.