W dniu 22 lipca 2002 siły powietrzne zbombardowały budynek w mieście Gaza, zabijając wysokiego dowódcę organizacji terrorystycznej Hamas, Salah Shehade. W trakcie bombardowania zginęło także 14 niewinnych cywilów, w tym dzieci. Opinia publiczna i media oskarżyły izraelskich pilotów o zbrodnię wojenną, mówiąc, że osoby odpowiedzialne za atak powinny być sądzone przez Międzynarodowy Trybunał Karny w Hadze. Jako dowódca Sił Powietrznych Izraela był zaangażowany w przeprowadzenie tej operacji i składał w tej sprawie wyjaśnienia. Jednak najsłynniejszą operacją było zabicie 22 marca 2004 przywódcy duchowego Hamasu, szejka Ahmada Jasina.
W kwietniu 2004 został zastępcą szefa sztabu generalnego Sił Obronnych Izraela.
Szef Sztabu Generalnego W dniu 1 czerwca 2005 rząd Izraela postanowił powołać Dana Chaluca na 18. szefa Sztabu Generalnego. Otrzymał on awans na generała porucznika (raw alluf) i został mianowany szefem Sztabu Generalnego.
Jednym z głównych zadań, jakie musiał wykonać, była ewakuacja żydowskich osadników ze Strefy Gazy, która rozpoczęła się 15 sierpnia 2005. Przy wydawaniu zadań operacyjnych ukuł slogan „determinacji i wrażliwości”, jakie miały cechować postępowanie izraelskich żołnierzy podczas tej operacji.