Na początku trzeciego okrążenia Ziemi statek miał przelecieć nad Rosją, jednak stacje IP-4, IP-6 i IP-7 nie mogły skontaktować się ze statkiem. Nie odbierano żadnych sygnałów, telemetrii czy z systemu Tral. Podobnie było podczas czwartego okrążenia. Analiza zebranych danych pokazała, że statek rozpoczął sekwencję powrotu do atmosfery, odpalił silnik TDU, ale nie opuścił orbity. Po 29 minutach zadziałał pokładowy system samodestrukcji, zaprogramowany na taką okoliczność.
Nie wiadomo jednak było, co spowodowało uruchomienie procedury powrotu do atmosfery. Oczywiste było jedynie, że póki nie zostanie to wyjaśnione, załogowy lot Woschoda 2 nie jest możliwy.
Analiza wypadku Dzień po nieudanej misji do Bajkonuru zostały wysłane taśmy z rejestratorów radiowych z Kamczatki, Moskwy i Kołpaszewa. Ściągnięci zostali też eksperci z OKB-1. Odkryto, że w chwili rozpoczęcia procedury uruchomienia silników ciągu wstecznego stacje IP-6 i IP-7 jednocześnie komunikowały się ze statkiem.
Powołana została komisja wypadkowa. Taśmy ze stacji IP-6 i IP-7 zatrzymała w Omsku zła pogoda. Dwunasty marca zostaje potwierdzony jako data 12 startu Łunnika E-6, w związku z tym start załogowego Woschoda został odłożony przynajmniej na koniec marca.