W ostatnich latach prezydentury swego ojca był postrzegany jako jego potencjalny sukcesor. Spekulacje te nasiliły się zwłaszcza po objęciu przez niego funkcji ministra. Prezydent Gnassingbé Eyadéma zaprzeczał jakimkolwiek zarzutom o prowadzeniu polityki dynastycznej, twierdząc, że wybór jego następcy leży w gestii narodu. W grudniu 2002 w Togo uchwalono nowe prawo, obniżające wiek prezydenta z 45 do 35 lat. Zdaniem opozycji ruch ten miał umożliwić ubieganie się przez Faure Gnassingbé o fotel prezydencki.
Przejęcie władzy thumb|Gnassingbé Eyadéma, rządzący Togo przez 38 lat, do czasu swojej śmierci w 2005 5 lutego 2005, w wieku 67 lat, na zawał serca zmarł nieoczekiwanie prezydent Gnassingbé Eyadéma. Zgodnie z konstytucją, po opróżnieniu urzędu prezydenta obowiązki głowy państwa miały przypaść przewodniczącemu Zgromadzenia Narodowego do czasu przeprowadzenia w ciągu 60 dni nowych wyborów prezydenckich. Funkcję tę sprawował wówczas Fambaré Ouattara Natchaba, który w chwili śmierci prezydenta przebywał w sąsiednim Beninie. Zaraz po śmierci Gnassingbé Eyadémy zamknięte zostały wszystkie granice lądowe i powietrzne. Jednocześnie szef armii, generał Zakari Nandja poinformował o przekazaniu funkcji p.o. prezydenta ministrowi Faure Gnassingbé w celu uniknięcia kryzysu przywództwa.