Po zawarciu rozejmu w roku 1521 okręty kaperskie wróciły do zwalczania żeglugi narewskiej, przechwytując kilkanaście statków z ładunkami dla Wielkiego Księstwa MoskiewskiegoT.Górski, Dzieje polskiej floty, s.17.. 14 września 1522 roku zawarty został rozejm polsko-moskiewski, a wkrótce potem król Zygmunt rozwiązał flotę kaperską. Okręty w większości przeszły do służby gdańskiej (były to zresztą prawie wyłącznie jednostki gdańskie), by brać udział w uciążliwej wojnie Hanzy z DaniąT.Górski, Dzieje polskiej floty, s.11..
Polska flota kaperska została zorganizowana doraźnie, a działalność swą prowadziła krótko. Była zbyt słaba, aby odegrać poważniejszą rolę w wojnie z Moskwą, a wypływało to z faktu, że Zygmunt Stary przywiązywał do spraw morskich znacznie mniejszą wagę, niż się na ogół przypuszczaW. Odyniec, Dzieje Prus..., s. 91.. Dopiero pod koniec życia, pod wpływem Bony, król nie przedłużył Gdańskowi długu zastawnego na starostwo puckie. Rada Miasta Gdańska traktowała posiadanie Pucka jako jeden z elementów sprawowania władzy nad wybrzeżem. Miało to swoją tradycję i ustaliło się już w czasach krzyżackich. W Pucku rezydował urzędnik zwany „rybickim”, którego kompetencje obejmowały wszystkie sprawy wynikające z posiadania brzegu morskiego i rybołówstwaW. Odyniec, Dzieje Prus..., s. 92..