thumb|left|Robert Peel Peel zrezygnował ze stanowiska w 1827 r., kiedy premierem został George Canning. Peel nie zgadzał się z premierem w sprawie równouprawnienia katolików, które popierał Canning. W 1828 r. Peel ponownie stanął na czele Ministerstwa Spraw Wewnętrznych, kiedy premierem został jego protektor, książę Wellington. Peel był wówczas uznawany za drugą osobę w stronnictwie torysów, po zwycięzcy spod Waterloo.
Mimo że Peel był przeciwnikiem równouprawnienia katolików, nacisk zwolenników tej reformy na rząd był tak silny, że w 1829 r. parlament uchwalił Emancipation Act. Na skutek tego Peel zrezygnował z reprezentowania okręgu Oxford University, w którym prawo głosu mieli anglikanie. Wnioskodawcą ustawy o równouprawnieniu był Irlandczyk Daniel O’Connell, który w 1815 r. wyzwał Peela na pojedynek, ale został aresztowany w drodze na miejsce starcia.