Wody Sieć rzeczna kraju ze względu na duże opady i górski krajobraz jest dobrze rozwinięta. Portoryko należy do zlewisk Morza Karaibskiego i Atlantyku. Rzeki kraju mają przeważnie postać górską, są krótkie i cechują się występowanie bystrzy i progów. Największe rzeki to: Loiza, La Plata, Manatí i Arecibo. Rzeki są zasobne w wodę i cechują się wysokim poziomem zmienności wodostanu co wiąże się z cyklami opadowymi. Na obszarach, gdzie występują wysokie opady deszczu, znajdują się niewielkie jeziora i tereny bagienne.
Opady w Portoryko padają głównie na północne zbocza gór, więc większość stałych rzek płynie z wnętrza wyspy na północne, czasami również na zachodnie wybrzeża. Żadna z rzek Portoryko nie jest wystarczająco duża, aby umożliwić żeglugę, ale kilka rzek płynących na północ jest wykorzystywanych do zaopatrzenia miast w wodę, nawadniania pól rolnych i produkcji energii wodnej.
310px|right|thumb|Las tropikalny na Portoryko
Gleby Portoryko należy do karaibskiej krainy glebowej. Powszechnie występującymi glebami są czerwone gleby feralitowe, które w wyniku wycinania lasów ulegają szybkiej erozji.